EMBOSS on Mac OS X(Darwin)

EMBOSSのセットアップ

本サイトの説明

UNIX互換OSであるMac OS X(Darwin)では、Classic、CarbonおよびCocoaソフトウェアとUNIX系ソフトウェアをシームレスに利用できる。その能力を引き出すための一例を提示する。
現時点では、Mac OS X 10.4 (Tiger) あるいはMac OS X 10.5 (Leopard)が主流と思われるので、本サイトの手順通りには行かないと思われます。TigerあるいはLeopardでは未検証のため、自己責任で対応して下さい。
今後、本サイトの更新予定はありません。今回はデッドリンクの削除等、最小限のメンテナンスのみです。 2010年4月26日改訂

PowerBook G4(1GHz|1GB SDRAM|60GBHD)-Mac OS X v10.3 (Panther)でUNIX環境を構築後、EMBOSSを導入した作業メモとして公開する。
EMBOSS: European Molecular Biology Open Software Suiteは、分子生物学研究用のオープンソース・ソフトウェア群をまとめたUNIX用パッケージ。【EMBOSSプログラム一覧】
EMBOSSは本来CUIでの利用が前提だが、UNIXになじみのない人には敷居が高い。そこで、GUIをかぶせるembossRUNNERを紹介する。
JAMBO (Japan EMBOSS Users Group)ではEMBOSS翻訳プロジェクトを展開している。
EMBOSS-Winをインストールすれば、WinodwsでもEMBOSSを使える。

Panther(Mac OS X v10.3)のUNIX環境セットアップ

ここで言うUNIX環境とは:　X Window Systemを使える環境のこと。すなわち、XFree86(XDarwin)やX11 for Mac OS Xを導入、作動させること。Mac OS XではX11 for Mac OS Xをお勧めする。

X11 for Mac OS Xをインストールする1:　v10.3をクリーンまたはv10.2でＸDarwinをインストールしていない状態でアップグレードインストールする場合には、カスタムインストールで「X11」を選択して、指示に従うこと。
X11 for Mac OS Xをインストールする2:　v10.3インストール済みのマシンを購入した場合には、インストールCD 3内の「X11User.pkg」を起動後、指示に従うこと。
いずれの場合でも;「Developer Tools」がインストールされていることを確認すること。起動HD（例えば、Macintosh HD）を開いた時に「Developer」フォルダが存在すれば良い。もしこれがなければ、「Xcode Tools」Discにある「Developer.mpkg」をインストールする。カスタムを選んで「X11SDK.pkg」も忘れずインストールする。

EMBOSSのインストール

ターミナルの利用: Mac OS Xのターミナル(terminal)は、「アプリケーション」→「ユーティリティ」(/Applications/Utilities)にある。
v10.2ではデフォルトのshellはtcshであったが、v10.3ではbash。
EMBOSS-2.6まで引きずっていたlindnaやcirdnaのバグは解消されたようだ。別途ライブラリなどのインストールは不要。以下の操作でEMBOSSをインストールする。

EMBOSSのダウンロードサイト（http://emboss.sourceforge.net/download/）にアクセスし、最新バーション（2005年5月21日時点ではEMBOSS-2.10.0.tar）を$HOME(ホームディレクトリ)にダウンロードする。【注】2010年4月24日時点での最新バーションは、EMBOSS-6.2.0.tar.gz
以下、コマンドで示す。
$ tar xvf EMBOSS-2.10.0.tar
$ cd EMBOSS-2.10.0
$ ./configure
$ make
$ sudo make install
password: (パスワード入力)
以上でインストール作業は終わり。
もし、EMBOSS-2.10.0.tar.gzを落としてきたら、
$ gunzip EMBOSS-2.10.0.tar.gz
に続いて、
$ tar xvf EMBOSS-2.10.0.tar
を実行する。
初期設定のままインストールすると実行ファイルは/usr/local/binにインストールされる。
$ /usr/local/bin/wossname -auto
とタイプしてパッケージのリストが出てくれば無事インストールできている。
「.bashrc」と「.bash_profile」を編集してPATHを通す。
「.bashrc」の内容
PATH=/usr/local/bin:$PATH
export PATH
「.bash_profile」の内容
source ~/.bashrc
新規のターミナルを起動し、
$ wossname -auto
とタイプしてパッケージのリストが出てくればpathの設定もOKだ。

EMBOSSのセットアップ

外部アプリケーションclustalwのインストール:
clustalwサイトからたどってclustalw1.82.mac-osx.tar.gzを$HOMEにダウンロードする。FTPサイトはftp.ebi.ac.uk/pub/software/unix/clustalw/
$ mkdir clustal
$ mv clustalw1.82.mac-osx.tar.gz ./clustal
$ cd clustal
$ gunzip clustalw1.82.mac-osx.tar.gz
$ tar xvf clustalw1.82.mac-osx.tar
$ sudo cp clustalw /usr/local/bin
Password:(アカウントで設定したパスワード)
外部アプリケーションprimer3のインストール: ソースからだとなぜかコンパイル (make)がこけるので、以下のようにpkgファイルで入れる。
MAC OS X - Software - Downloadサイトへアクセスし、eBioToolsをダウンロードする。
【注】"eBioTools 3 is available in two different variants, one for Mac OS X 10.4 (Tiger) and one for Mac OS X 10.5 (Leopard)"とある。10.3では未検証。
AAINDEX のセットアップ(アミノ酸指標DBのセットアップ):
ftp://ftp.genome.ad.jp/pub/db/genomenet/aaindex/から「aaindex1」を$HOMEにダウンロードする。
$ sudo aaindexextract
Password:(アカウントで設定したパスワード)
Extract data from AAINDEX
Full pathname of file aaindex1: $HOME/aaindex1 ← 「/Users/"アカウント名"/aaindex1」と指定する。

REBASEのセットアップ(制限酵素DBのセットアップ):
ftp.neb.comの/pub/rebaseから「withrefm.***」と「proto.***」を$HOMEにダウンロード。←　最新版をチェックすること。2005年５月21日時点ではwithrefm.505、proto.505。頻繁に更新されるので適宜更新すること。【注】2010年4月24日時点では、withrefm.004、proto.004(ともに10/03/31 21:01:00)
$ sudo rebaseextract
Password:(アカウントで設定したパスワード)
Extract data from REBASE
Full pathname of WITHREFM file: withrefm.***
Full pathname of PROTO file: proto.***

【ftpコマンドを使ったファイルのダウンロード例】

$ ftp ftp.neb.com ftpコマンドでFTPサーバに接続
Connected to vent.neb.com.
220 vent FTP server (Version wu-2.6.2+Sun) ready.
Name (ftp.neb.com:aisoai): anonymous 「anonymous」と入力
331 Guest login ok, send your complete e-mail address as password.
Password: 何も入力せずそのままリターンで良い（または電子メールアドレスを入力
230 Guest login ok, access restrictions apply.
Remote system type is UNIX.
Using binary mode to transfer files.
ftp> cd /pub/rebase 「rebase」フォルダに移動
250 CWD command successful.
ftp> ls ディレクトリ内を表示させる
229 Entering Extended Passive Mode (|||5455|)
150 Opening ASCII mode data connection for /bin/ls.
total 77172
-rw-r--r--   1 108      77           815 Sep 30 10:56 A.rst
-rw-r--r--   1 108      77           446 Sep 30 10:56 C.rst
-rw-r--r--   1 108      77           665 Sep 30 10:56 E.rst
-rw-r--r--   1 108      77          1678 Sep 30 10:56 F.rst
-rw-r--r--   1 108      77           911 Sep 30 10:56 G.rst
-rw-r--r--   1 108      77           364 Sep 30 10:56 H.rst
-rw-r--r--   1 108      77          1693 Sep 30 10:56 I.rst
-rw-r--r--   1 108      77           740 Sep 30 10:56 J.rst
-rw-r--r--   1 108      77          1032 Sep 30 10:56 K.rst
-rw-r--r--   1 108      77          1188 Sep 30 10:56 M.rst
-rw-r--r--   1 108      77          2210 Sep 30 10:56 N.rst
-rw-r--r--   1 108      71          2083 Oct 27 18:25 NEWS.311
-rw-r--r--   1 108      77           899 Sep 30 10:56 O.rst
-rw-r--r--   1 108      77            70 Sep 30 10:56 P.rst
-rw-r--r--   1 108      77           511 Sep 30 10:56 Q.rst
-rw-r--r--   1 108      77          1023 Sep 30 10:56 R.rst
-rw-r--r--   1 108      77          1173 Apr 30  2003 README
-rw-r--r--   1 108      77         45518 Jan 31  2003 REBASE.DOC
-rw-r--r--   1 108      77          1173 Apr 30  2003 Readme
-rw-r--r--   1 108      77           667 Sep 30 10:56 S.rst
-rw-r--r--   1 108      77           465 Sep 30 10:56 U.rst
-rw-r--r--   1 108      77           403 Sep 30 10:56 V.rst
-rw-r--r--   1 108      71           587 Sep 30 10:56 X.rst
-rw-r--r--   1 108      71        528920 Oct 27 18:25 allenz.311
-rw-r--r--   1 108      71        402677 Oct 27 18:25 azymes.311
-rw-r--r--   1 108      71       1009522 Oct 27 18:25 bairoch.311
-rw-r--r--   1 108      77          8505 Jan 31  2003 bairoch.doc
-rw-r--r--   1 108      71         84754 Oct 27 18:25 bairochc.311
-rw-r--r--   1 108      71        154257 Oct 27 18:25 bionet.311
-rw-r--r--   1 108      71         30959 Oct 27 18:25 bionetc.311
-rw-r--r--   1 108      71         90510 Oct 27 18:25 cadgene.311
-rw-r--r--   1 108      71         16908 Oct 27 18:25 clonemgr.311
-rw-r--r--   1 108      71         50414 Oct 27 18:25 commdata.311
-rw-r--r--   1 108      71         38464 Oct 27 18:25 cutzymes.311
-rw-r--r--   1 108      71         16496 Oct 27 18:25 dnasis.311
-rw-r--r--   1 108      71         11509 Oct 27 18:25 dnasis5.311
-rw-r--r--   1 108      71         19295 Oct 27 18:25 emboss_e.311
-rw-r--r--   1 108      71        140243 Oct 27 18:25 emboss_r.311
-rw-r--r--   1 108      71           967 Oct 27 18:25 emboss_s.311
-rw-r--r--   1 108      71         50596 Oct 27 18:25 gcg.311
-rw-r--r--   1 108      71         54557 Oct 27 18:25 gcgenz.311
-rw-r--r--   1 108      71         77936 Oct 27 18:25 gcgref.311
-rw-r--r--   1 108      71         65759 Oct 27 18:25 genepro.311
-rw-r--r--   1 108      71         12237 Oct 27 18:25 geneproc.311
-rw-r--r--   1 108      71         42772 Oct 27 18:25 generunr.311
-rw-r--r--   1 108      71          5152 Oct 27 18:25 genetyx.311
-rw-r--r--   1 108      71       1623215 Oct 27 18:25 gtype2.311
-rw-r--r--   1 108      71         49757 Oct 27 18:25 gtype2c.311
-rw-r--r--   1 108      71          6289 Oct 27 18:25 homing.311
-rw-r--r--   1 108      71         93020 Oct 27 18:25 itype2.311
-rw-r--r--   1 108      71        267708 Oct 27 18:25 nar.311
-rw-r--r--   1 108      71          7449 Oct 27 18:25 neos.311
-rw-r--r--   1 108      71        699195 Oct 27 18:25 orgref.311
-rw-r--r--   1 108      71        568893 Oct 27 18:25 parsrefs.311
-rw-r--r--   1 108      71         18509 Oct 27 18:25 procite.311
-rw-r--r--   1 108      71       7374007 Oct 27 18:26 procitea.311
-rw-r--r--   1 108      71         11987 Oct 27 18:26 proto.311
-rw-r--r--   1 108      71         18834 Oct 27 18:26 pubrefs.311
-rw-r--r--   1 108      71       7467755 Oct 27 18:26 pubrefsa.311
-rw-r--r--   1 108      71         20592 Oct 27 18:26 refmgr.311
-rw-r--r--   1 108      71       7806986 Oct 27 18:26 refmgra.311
-rw-r--r--   1 108      71         12730 Oct 27 18:26 seqaidii.311
-rw-r--r--   1 108      71         14158 Oct 27 18:26 staden.311
-rw-r--r--   1 108      71          4960 Oct 27 18:26 strider.311
-rw-r--r--   1 108      71         10687 Oct 27 18:26 striderc.311
-rw-r--r--   1 108      71        157934 Oct 27 18:26 type2.311
-rw-r--r--   1 108      71        147996 Oct 27 18:26 type2ref.311
-rw-r--r--   1 108      77       6979699 Oct 27 18:28 wilbura.out
-rw-r--r--   1 108      71        699196 Oct 27 18:26 withref.311
-rw-r--r--   1 108      71       2206837 Oct 27 18:26 withrefm.311
226 Transfer complete.
ftp> get withrefm.311 getコマンドでファイルをダウンロード
local: withrefm.311 remote: withrefm.311
229 Entering Extended Passive Mode (|||1764|)
150 Opening BINARY mode data connection for withrefm.311 (2206837 bytes).
100% |**************************************************************|  2155 KB  162.66 KB/s    00:00 ETA
226 Transfer complete.
2206837 bytes received in 00:13 (159.79 KB/s)
ftp> get proto.311 getコマンドでファイルをダウンロード
local: proto.311 remote: proto.311
229 Entering Extended Passive Mode (|||44696|)
150 Opening BINARY mode data connection for proto.311 (11987 bytes).
100% |**************************************************************| 11987      16.80 KB/s    00:00 ETA
226 Transfer complete.
11987 bytes received in 00:01 (11.50 KB/s)
ftp> bye サーバとの接続を切断
221-You have transferred 2918020 bytes in 3 files.
221-Total traffic for this session was 2924026 bytes in 4 transfers.
221-Thank you for using the FTP service on vent.
221 Goodbye.

TRANSFACのセットアップ(転写因子DBのセットアップ):
ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/transfacからtransfac32.zipをダウンロード。← 最新版をチェックすること。
transfac32.zipをダブルクリックして解凍。
解凍したフォルダ内の「site.dat」フォルダを$HOMEへコピー。
$ sudo tfextract site.dat
PROSITE のセットアップ(アミノ酸配列モチーフDBのセットアップ):
ftp://ftp.dna.affrc.go.jp/pub/prosite/current_seqにアクセスし、「prosite.doc」と「prosite.dat」を$HOMEにダウンロード。← 最新版をチェックすること。
$ sudo prosextract
Password:(アカウントで設定したパスワード)
Builds the PROSITE motif database for patmatmotifs to search
Enter name of prosite directory: $HOME ← ホームディレクトリ（/Users/"アカウント名"）を指定する。

.embossrcの編集:

SET emboss_acdroot /usr/local/share/EMBOSS/acd
SET emboss_db_dir /usr/local/share/EMBOSS/test
SET emboss_data /usr/local/share/EMBOSS/data

SET emboss_STDOUT 1
#SET emboss_DEBUG 1

DB embl [
	type: N
	method: emblcd
	format: embl
	dir: $emboss_db_dir/embl
	file: *.dat
	comment: "EMBL flat files"
]

DB sw [ 
        type: P 
        comment: "SWISSPROT sequences"
        method: emblcd
        format: swiss 
        dbalias: swissprot
        dir: $emboss_db_dir/swiss 
        file: seq.dat
]

DB genbank [
        type: N
        method: url
        format: genbank
        url: "http://srs.pasteur.fr/cgi-bin/wgetz?-e+-ascii+[genbank-id:%s]"
        comment: "Genbank IDs"
]

EMBOSSパッケージの確認:
$ wossname -autoでパッケージを書き出すことができる。% wossname -auto > list.txtなどとリダイレクトすれば、「list.txt」ファイルに書き出せる。

embossRUNNERのセットアップ

embossRUNNERに必要なソフトウェアを揃える - embossRUNNERは、EMBOSS以外に、ghostscriptを必要とする。
設定ファイル「environment.plist」の作成。
EMBOSSのバージョンをv2.10.0にしても作動する。2005年5月21日確認

embossRUNNER 1.1.1はembossRUNNERのページにある「Download Now 」から得られる。ダウンロード後、解凍された「embossRUNNER Folder」を「/Applications」など適当な場所に置く。「embossRUNNER Folder」内にある「embossRUNNER」が実行ファイルだ。
次にghostscriptも「Download Now 」をダブルクリックしてダウンロードする。解凍されたFolder内の「ESP Ghostscript.mpkg」を使ってインストールする。
$HOME/.MacOSX/environment.plistの編集:
PLPLOT_LIB(ライブラリ)やembossManualファイル(htmlで作成されたマニュアルファイル)が置かれているpathの明示、および結果として出力されるgraphicまたはtxtファイルを開くアプリケーションを指定するために、environment.plistを作成し、$HOME下に作成した「.MacOSX」フォルダに置く。
1) $ mkdir .MacOSX $HOMEに.MacOSXディレクトリを作成する。
2) $ cd .MacOSX (移動)
3) emacs environment.plistを実行し、以下の内容を記述してファイルを作成する。あるいは、Aqua側で編集して、「.MacOSX」フォルダにおいても良い。
```
 <?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<!DOCTYPE plist PUBLIC "-//Apple Computer//DTD PLIST 1.0//EN" "http://www.apple.com/DTDs/PropertyList-1.0.dtd">
<plist version="1.0">
<dict>
	<key>PATH</key>
	<string>/usr/local/bin:/usr/bin:/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/sbin:/usr/X11R6/bin</string>
	<key>PLPLOT_LIB</key>
	<string>/usr/local/share/EMBOSS</string>
	<key>embossManual</key>
	<string>/usr/local/share/EMBOSS/doc/programs/html</string>
	<key>graphViewer</key>
	<string>Preview.app</string>
	<key>showViewer</key>
	<string>Mozilla.app</string>
	<key>textViewer</key>
	<string>TextEdit.app</string>
</dict>
</plist>
```

embossRUNNER - ScreenShot -

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The number of people who visited EMBOSS on Mac OS X
counter

since November 03, 2003

Atsushi Isoai, Ph.D.

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