分子生物学研究用ツール集

Sites for the Molecular Biology - LINKS
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★ 研究用ツール一覧表： 【日本語ページ】【英語ページ】
★ All-IN-ONE SEQ-ANALYZER - by Naohiro Inohara

• データベース検索：

  WAIS - KW [DISC] | PubMed: Medline - KW [NBCI]

• ホモロジー検索：

  BLAST [GenomeNET] | FASTA [GenomeNET]

• 配列解析：

  DNA → AA [EBI] | PROSCAN - promoter prediction [NIH] | NNPP - promoter prediction [LBNL] | Signal Scan - signal search [NIH] | SSPN - splice prediction [BDGP] | Genie - exon prediction [USCS/LBNL] | ORF Finder [NCBI] | clustalW [GenomeNET] | TFSEARCH - transcription factor binding sites [AIST] | TFBINF - transcription factor binding sites | MOTIF - protein motif [GenomeNET] | pI/Mw [ExPASy]

• 制限酵素マップ：

  WebCutter

• PCR：

  Primer3 | Oligo Calculator | Web Primer - DNA and Purpose Entry | CODEHOP

• ２次構造予測：

  PredictProtein | TMpred | SOSUI

• 配列整形：

  BOXSHADE | ReadSeq [NIH-J]

• その他：

  Codon Usage - CUTG[DISC] | PSORT

• 「EMBOSS on Mac OS X(Darwin) - EMBOSSのセットアップ」 - EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite)は、分子生物学研究用のオープンソース・ソフトウェア群をまとめたUNIX用パッケージ。EMBOSS(v.2.10.0)のセットアップと、GUI環境を提供するembossRUNNERの紹介。
• 研究用ツール - 有用サイトを項目・目的別に厳選 [ 秀逸 ] - by Jun Ishikawa at 国立感染症研究所 - [ 英語版 ]はこちら。 Quadrophenia がホームページ。WWWサーバリンク等。
• ExPASy - Bioinformatics Resource Portal at SIB Swiss Institute of Bioinformatics

• 主要配列データバンク：

  GenBank [NCBI] | ENA(EMBL-EBI) [EBI] | DDBJ | UniProt [ExPASy]

• NCBI Site Map: National Center for Biotechnology Information (NCBI)のサービス全容がコンパクトにまとめられている。- NCBIのresourceを活用する上で必読。
• ゲノムネットWWWサーバー: GenomeNET - 各種データベースおよび解析ツール
  • リンクマップから主要データバンクへ。
  • DBGET/LinkDB - 主要データベースへのリンク。
• 日本DNAデータバンク: DDBJ - 生命情報研究センター at国立遺伝学研究所 - Web版塩基配列登録システム - オンライン遺伝子登録。
• 蛋白質立体構造データバンク - PDBへの蛋白質立体構造データの登録サイト。
• DISC: DNA Information and Stock Center - 農林水産省農業生物資源研究所。
  • LiMB - 分子生物学関連データベース一覧
• Restriction Enzyme Database: 制限酵素データベース - New England Biolabs, Inc.
• Biochemical Pathway Maps - 代謝マップとリンクした酵素データベース。
• INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY - IUBMB：酵素、分子生物学・生化学関連用語やシンボル等のnomenclature。
• 培養生物世界データセンター - バクテリア、かび、酵母、培養細胞、モノクローナル抗体等のデータベース。その他、分子生物学、ゲノムプロジェクトなどのサイトへリンク。
• ATCC - American Type Culture Collection
• 国内の遺伝子・細胞バンク
  • ヒューマンサイエンス研究資源バンク - 「細胞バンク」、「遺伝子バンク」、「ヒト組織バンク」、「動物胚バンク」の各バンクが提供されている。
  • JCRB遺伝子バンク - at 国立感染症研究所
  • 理研リソースセンター - at 理化学研究所筑波研究所
  • 農林水産DNAバンク

• Biology Workbench 3.2 - タンパク質・核酸解析ツール: BLASTX | モチーフ検索 | ClustalW | 制限酵素マップ作製 etc. - Query投入はカット&ペーストの他、ローカルファイルの読込みでも可。- at SDSC (USA)
• 大阪大学・遺伝情報実験施設メニュー - Sequence Analysis Tools | データベース | 電子メールで検索できるサーバー etc. - at 大阪大学・遺伝情報実験施設
• watson.nih.go.jpホームページ - Web ToolsやGCGマニュアル等。- at 国立感染症研究所
• Web Signal Scan - 転写調節因子結合配列の検索。- at DISC
• コードホップ(CODEHOP) - たんぱく質のマルチアライメントからdegenerated primerを作成するPCR支援ツール。ホモログたんぱく質のPCRスクリーニングに有用。
• The BioToolkit - 有用解析ツールおよびツールサイトを収録。
• バイオサイエンスデータベースセンター - NBDCによるデータベース統合サービス。同サイト内のゲノム解説ツールリンク集では用途別にさまざまな解析ツールが紹介されている。

• Amino Acid Information - アミノ酸に関する情報満載。
• CUTG: コドン使用頻度 - Codon Usage Tabulated from GenBank - あらゆる種のコドン使用頻度が検索可能。
• Codon Table - codonを入力すると対応するアミノ酸、またはアミノ酸を選択すると対応するcodonを表示してくれる。
• Periodic table - 元素周期表

• NCBI PubMed - NCBI Medlineブラウザ。
  • MEDLINE日本語ゲートウェイ - EVISA社によるMedlineへの日本語ゲート（検索そのものはNCBIのPubMedサービスです - 当然英語）。
• The Medline Database: Medline Databaseを利用した各種検索サービス。
• PaperChase - MEDLINE | HealthSTAR | AIDSLINE | CANCERLIT のオンライン文献検索サービス - $0.25/文献か$150/年（無制限）のサービス選択可。[要登録]
• Chemfinder - Chemicalsの検索ツール - 化合物検索・情報収集。
• 特許電子図書館 - 日本国特許庁より発行される特許情報のオンライン検索サービス。
• 厚生省法令データベースシステム - 厚生省で所管する法律、政令、省令、告示、訓令、通知等の検索システム。
• Jump to Library! - 日本の図書館と目録サービス。- at 農林水産省研究情報センター

• 生化学・分子生物学リンク集 - リンク集を収録。 [ その他 ] のページにも有益なサイトを収録。
• リンクサイト - Sites for the Molecular Biology - LINKS | 分子生物学研究用ツール集にリンクを張っているサイトを収録。
• Schizosaccharomyces pombe & Yeast Sites - S. pombeを中心に酵母に関するデータベース・リンク集。
• ExPASy: Resources A..Z - SIB Swiss Institute of Bioinformaticsによるリンク集。
• 生命科学リンク - バイオ関係者に便利なリンク集。 - by Naohiro Inohara
• 薬事法リンク集 - 医薬品関連・その他リンク集。

• バイオ関連ソフトウェア - バイオ関連ソフト収録。
• オンラインソフトウェア - 各種一般オンラインソフトはここから - 検索サイト・ダウンロードサイト収録。
• EnzymeX - Mac OS X(Cocoa)ソフト。遺伝子操作に必要な制限酵素に関する情報に加え、核酸・オリゴの濃度計算、アミノ酸情報、クローニング支援ツール等を提供する。
• 分子量計算機 - Mac OS X(Carbon)ソフト。文字通り分子量を計算するためのソフト。
• Entrez - Entrezクライアントソフト。Windows、MacintoshおよびUNIX(Linux、Solaris)用が用意されている。Firewall越しには利用できない可能性があるので注意。
• NIH Imageホーム - 最も有用な画像ソフト。ここから最新版と最新情報が得られる。 ftpサイトはこちら。
• Scion Image - 最も有用な画像ソフトNIH ImageのWindows版ダウンロードサイト。
• Amplifyホーム - PCR用プライマー設計支援ソフト - MacOSX用(Ver.3.14)

• 雑誌リスト - 学術雑誌の他、出版社・新聞も収録。
• 分子生物学・生化学関連雑誌リンク - TOC`s archive of biomedical journals： 主要Journalへのリンク。その他、 [HUM-MOLGEN]への登録により雑誌目次を電子メールで受信可。
• Elisevier's portal to life sciences - Elisevier社刊行雑誌へのGateway。
• BIOWEB - ゲノムや蛋白、ＤＮＡなどのバイオ研究者と企業をリンクするWEB。- 書籍情報・試薬情報・学会情報・バイオリンク等。
• Medical Profession - 医療仲間 - 医療専門家に役立つ情報収録。
• BIOSCI bionet Newsgroup Archives - "bionet"ニュース記事をグループ毎に収録。BIOSCIのトップページはこちら。
• 日経バイオテクノロジー・ジャパン - バイオテクノロジーの研究や産業化に携わる研究者への情報掲載。
• 薬事日報 - 医薬行政・業界に関する情報源。
• 主要ベンダー：

  NEB | Clonetech | インビトロジェン | プロメガ | Promega | Fermentas | QIAGEN | 宝酒造 | 日本ミリポア | GEヘルスケア バイオサイエンス |　ザルトリウス

• BIOSEARCH - バイオ機器・試薬総合カタログ - 日経バイオテクノロジージャパンによる試薬・機器類検索サイト。
• 主要雑誌：

  Cell | Nature | Science | Trends online｜ J.Biol.Chem | Proc.Natl.Acad.Sci.USA | EMBO J | Nucleic Acids Research | Gene | FEBS Letters | サイエンス [日本語訳]

• 医薬関連規制当局・関連団体：

  FDA | 厚生労働省 | EMEA | ICH | 日本PDA | ISPE-JAPAN　| 国立医薬品食品衛生研究所　| 独立行政法人　医薬品医療機器総合機構

• 日米EU医薬品規制調和国際会議:　日本では、ICHで合意されたガイドラインは厚生労働省医薬食品局から通知される。
• 三重県薬事工業情報提供システム: 「薬事法を中心とした法規制をリアルタイムで発信」。
• ライフサイエンスにおける安全に関する取組-遺伝子組換え実験: 文部科学省。
• 法令等データベースシステム: 厚生労働省所管の主な法律、政令、省令、告示、訓令、通知等を検索できる。
• 電子政府の総合窓口: 政府の行政情報や行政手続きの案内窓口(e-Gov)。パブリックコメントの一覧もある。
• 第十六改正 日本薬局方: at「日本薬局方」ホームページ。
• 情報ダイジェスト: GMPコンプライアンスや生産財のマーケティングに関する情報源。

• LSD: ライフサイエンス辞書プロジェクト。
• Internet Resources - 翻訳のためのインターネットリソース。医学・生物学関連の辞書も膨大な数収録されている。
• Tools - プロメガ社が提供する分子生物学研究に役立つオンラインツール。
• Amazon - [日本語トップページ] 洋書の注文はここが便利 - 検索・注文手続き簡単。
• 郵便番号検索
• Black-Box - Web上で様々な統計処理が可能。
• 便利コム！！ - いろいろな情報が満載。
• 検索デスク - あらゆる検索サイトへのGateway。

The number of people who visited the Molecular Biology - Research Tool Sites [JapanesePage]

since December 09, 1996

Atsushi Isoai, Ph.D.

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• 配列解析：

  DNA → AA [EBI] | PROSCAN - promoter prediction [NIH] | NNPP - promoter prediction [LBNL] | Signal Scan - signal search [NIH] | SSPN - splice prediction [BDGP] | Genie - exon prediction [USCS/LBNL] | ORF Finder [NCBI] | clustalW [GenomeNET] | TFSEARCH - transcription factor binding sites [AIST] | TFBINF - transcription factor binding sites | MOTIF - protein motif [GenomeNET] | pI/Mw [ExPASy]

• 制限酵素マップ：

  WebCutter

• PCR：

  Primer3 | Oligo Calculator | Web Primer - DNA and Purpose Entry | CODEHOP

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• その他：

  Codon Usage - CUTG[DISC] | PSORT

• 「EMBOSS on Mac OS X(Darwin) - EMBOSSのセットアップ」 - EMBOSS(European Molecular Biology Open Software Suite)は、分子生物学研究用のオープンソース・ソフトウェア群をまとめたUNIX用パッケージ。EMBOSS(v.2.10.0)のセットアップと、GUI環境を提供するembossRUNNERの紹介。
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• 主要配列データバンク：

  GenBank [NCBI] | ENA(EMBL-EBI) [EBI] | DDBJ | UniProt [ExPASy]

• NCBI Site Map: National Center for Biotechnology Information (NCBI)のサービス全容がコンパクトにまとめられている。- NCBIのresourceを活用する上で必読。
• ゲノムネットWWWサーバー: GenomeNET - 各種データベースおよび解析ツール
  • リンクマップから主要データバンクへ。
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• 日本DNAデータバンク: DDBJ - 生命情報研究センター at国立遺伝学研究所 - Web版塩基配列登録システム - オンライン遺伝子登録。
• 蛋白質立体構造データバンク - PDBへの蛋白質立体構造データの登録サイト。
• DISC: DNA Information and Stock Center - 農林水産省農業生物資源研究所。
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• 国内の遺伝子・細胞バンク
  • ヒューマンサイエンス研究資源バンク - 「細胞バンク」、「遺伝子バンク」、「ヒト組織バンク」、「動物胚バンク」の各バンクが提供されている。
  • JCRB遺伝子バンク - at 国立感染症研究所
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  • 農林水産DNAバンク

• Biology Workbench 3.2 - タンパク質・核酸解析ツール: BLASTX | モチーフ検索 | ClustalW | 制限酵素マップ作製 etc. - Query投入はカット&ペーストの他、ローカルファイルの読込みでも可。- at SDSC (USA)
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• コードホップ(CODEHOP) - たんぱく質のマルチアライメントからdegenerated primerを作成するPCR支援ツール。ホモログたんぱく質のPCRスクリーニングに有用。
• The BioToolkit - 有用解析ツールおよびツールサイトを収録。
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• Amino Acid Information - アミノ酸に関する情報満載。
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• バイオ関連ソフトウェア - バイオ関連ソフト収録。
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• BIOSCI bionet Newsgroup Archives - "bionet"ニュース記事をグループ毎に収録。BIOSCIのトップページはこちら。
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• 医薬関連規制当局・関連団体：

  FDA | 厚生労働省 | EMEA | ICH | 日本PDA | ISPE-JAPAN　| 国立医薬品食品衛生研究所　| 独立行政法人　医薬品医療機器総合機構

• 日米EU医薬品規制調和国際会議:　日本では、ICHで合意されたガイドラインは厚生労働省医薬食品局から通知される。
• 三重県薬事工業情報提供システム: 「薬事法を中心とした法規制をリアルタイムで発信」。
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• 法令等データベースシステム: 厚生労働省所管の主な法律、政令、省令、告示、訓令、通知等を検索できる。
• 電子政府の総合窓口: 政府の行政情報や行政手続きの案内窓口(e-Gov)。パブリックコメントの一覧もある。
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• LSD: ライフサイエンス辞書プロジェクト。
• Internet Resources - 翻訳のためのインターネットリソース。医学・生物学関連の辞書も膨大な数収録されている。
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