ライフサイエンスツール集

インフォメーション

ポータルサイト・次世代生命科学

• 世界の総合ツールポータル：
  • Expasy：SIBのバイオインフォマティクス・リソースポータル。
  • EMBL-EBI Data resources and tools：分子データリソース・解析ツールの総合入口。
  • bio.tools：生命科学・バイオインフォマティクスのソフトウェア、データベース、サービスを探すポータル。
  • NCBI - 米国NCBIの生物医学・ゲノム情報ポータル。データベース、BLASTなどの解析ツール、文献・配列・ゲノム資源への総合入口。
  • Galaxy - データ集約型の生物医学研究向けオープンソースWeb解析プラットフォーム。多数の解析ツールとワークフローを利用できる総合解析環境。
  • CodonTable - バイオインフォマティクス・生命科学の各種ツールをまとめたポータル。
  • バイオサイエンスデータベースセンター- NBDCによるデータベース統合サービス。同サイト内の ゲノム解説ツールリンク集では用途別にさまざまな解析ツールが紹介されている。
• 次世代生命科学・新技術：
  • Single-cell・Spatial omics
    • CZ CELLxGENE Discover - 標準化されたsingle-cellデータを検索・可視化・ダウンロードして探索できるポータル。
    • Broad Institute Single Cell Portal - single-cell研究データを検索・共有・探索するBroad Instituteのポータル。
    • HuBMAP Data - ヒト組織のsingle-cell・spatialデータとHuman Reference Atlasなどを提供するHuBMAPの入口。
  • AI・Foundation Models for Biology
    • AlphaFold - AIによるタンパク質構造予測とAlphaFold Databaseへの入口。
    • AlphaGenome - ヒトゲノム変異の分子生物学的影響を予測するGoogle DeepMindのAIモデル／Atlasへの入口。
  • 再生医療等製品・Cell/Gene Therapy
    • FDA Cellular & Gene Therapy Guidances - FDAの細胞・遺伝子治療関連ガイダンス集。ゲノム編集、Cell Therapy、Gene Therapy、CMC等を横断して確認できる。
    • NIH Somatic Cell Genome Editing (SCGE) - NIH Common FundのSomatic Cell Genome Editingプログラム。ゲノム編集技術と臨床移行に関する研究資源への入口。
    • SCGE Platform - ゲノム編集・遺伝子治療の臨床移行を支援するSCGE Platform。試験、規制文書、関連リソースを案内する。
    • PMDA 再生医療等製品 - PMDAの再生医療等製品に関する承認審査・関連通知・製品開発情報への入口。
    • 論文情報・トレンドレビュー
      • iPSC-derived Cell Therapy - iPSC由来細胞治療の開発動向を追うための参考情報。
      • Allogeneic / Off-the-shelf Cell Therapy - 同種・off-the-shelf型のCAR細胞治療、とくにiPSC由来プラットフォームの開発動向に関するレビュー。
      • In vivo CAR-T / Cell Engineering - in vivoでCAR-T細胞を作製する次世代細胞工学の設計・開発動向に関するレビュー。

目的別研究用ツール集

• 文献・データベース検索：

  関連リソース

  PubMed定番: MEDLINEを中心とした生命科学・医学文献検索 [NCBI]

• 相同性検索：

  関連リソース

  BLAST定番[GenomeNET] | FASTA[GenomeNET]

• 配列解析：

  関連リソース

  DNA -> AA定番[EBI] | NNPPLegacy- promoter prediction [BDGP] | SSPNLegacy- splice prediction [BDGP] | ORF Finder[NCBI] | ClustalW[GenomeNET] | TFBIND- transcription factor binding sites | MOTIF- protein motif [GenomeNET] | pI/Mw[ExPASy]

• 制限酵素マップ：

  関連リソース

  NEBcutter定番

• PCR：

  関連リソース

  Primer3web定番| Oligo Calculator| Web Primer- Primer design

• 二次構造予測：

  関連リソース

  SOSUI

• 配列整形：

  関連リソース

  Shade sequence alignments with Boxshade| ReadSeqLegacy

• その他：

  関連リソース

  Codon UsageLegacy- CUTG | PSORTファミリー

データベース - リソース関連

• 主要配列データバンク：
  GenBank定番 [NCBI] | ENA(EMBL-EBI) [EBI] | DDBJ定番 | UniProt定番 [ExPASy]
• NCBI Site Map: National Center for Biotechnology Information (NCBI)のデータベースや各種リソースへの案内。
• ゲノムネットWWWサーバー: GenomeNET - 各種データベースおよび解析ツール
  • リンクマップから主要データバンクへ。
  • DBGET/LinkDB - 主要データベースへのリンク。
• 日本DNAデータバンク: DDBJ - 生命情報研究センター at 国立遺伝学研究所 - Web版塩基配列登録システム - オンライン塩基配列登録。
• 蛋白質立体構造データバンク - PDBへのタンパク質立体構造データの登録サイト。
• Restriction Enzyme Database: 制限酵素データベース - New England Biolabs, Inc.
• Biochemical Pathway Maps - 代謝マップとリンクした酵素データベース。
• INTERNATIONAL UNION OF BIOCHEMISTRY AND MOLECULAR BIOLOGY - IUBMB：酵素、分子生物学・生化学関連用語やシンボル等のnomenclature。
• ATCC - American Type Culture Collection
• 国内の遺伝子・細胞バンク
  • JCRB生物資源バンク at 国立研究開発法人 医薬基盤・健康・栄養研究所
  • 理化学研究所バイオリソース研究センター（BRC） - at 理化学研究所
  • 京都大学iPS細胞研究財団 iPS細胞ストック：臨床用・研究用iPS細胞の提供。iPS細胞ストックプロジェクトを含む。

テーブル

• 配列・遺伝暗号：
  • DDBJ 遺伝暗号表 - 標準コードおよび各種transl_tableの参照。
  • DDBJ 配列コード表 - 核酸・アミノ酸の一文字表記や曖昧塩基コード。
  • CUTG / Codon Usage DatabaseLegacy - 生物種ごとのコドン使用頻度。
• タンパク質・アミノ酸：
  • What is an Amino acid? - アミノ酸の基礎情報。
  • ExPASy ProtScale - アミノ酸スケール、疎水性などの参照・プロファイル計算。
• 制限酵素・クローニング：
  • REBASE - 制限酵素・認識配列・関連情報のデータベース。
  • NEB Enzyme Finder - 名称・認識配列・オーバーハング等から制限酵素を検索。
  • NEB 認識配列一覧 - 制限酵素の認識配列と切断位置の一覧。
• 基礎科学：
  • Periodic table - 元素周期表。

文献・情報検索

• NCBI PubMed定番- 生命科学・医学分野の文献検索サービス。
• 特許情報プラットフォーム- 独立行政法人工業所有権情報・研修館により提供される特許情報のオンライン検索サービス。
• 厚生労働省法令等データベースサービス| 法令等データベースサービス - 厚生労働省所管の法令・通知等を検索できます。

ソフトウェア

• DNA・クローニング：
  • SnapGene - プラスミドマップ、PCR、各種クローニング設計・シミュレーション。
  • ApE (A Plasmid Editor) - 無料。DNA編集、注釈、プラスミドマップ、in silicoクローニング。
  • EnzymeXLegacy - macOS向けの旧来型DNA配列エディタ。対応環境に注意。
  • Amplify4Legacy - Mac用PCRシミュレーション・プライマー評価。対応環境に注意。
• 配列解析・表示：
  • EMBOSS定番 - 無料・オープンソースの分子生物学／配列解析ソフトウェアスイート。多数のコマンドライン解析ツールを収録。
  • UGENE - 無料・オープンソース。配列表示、アラインメント、アセンブリ、注釈。
  • Jalview - 無料。多重配列アラインメントの編集・可視化・解析。
• 画像解析：
  • ImageJ - 科学画像の表示・処理・解析。
  • ImageJ Download - 各OS向けImageJの公式ダウンロード。
• 計算・補助：
  • 分子量計算機 - 核酸・タンパク質などの分子量計算。

雑誌・情報

• BIOWEB- バイオ研究者向けの情報サイト。書籍、試薬、学会情報などを掲載。
• 日経バイオテクノロジー・ジャパン- バイオテクノロジーの研究や産業化に携わる研究者への情報掲載。
• 薬事日報- 医薬行政・業界に関する情報を提供。
• 主要ベンダー：
  • 研究用試薬・機器： NEB | プロメガ | タカラバイオ | メルク | ザルトリウス
  • 再生医療・細胞／遺伝子治療： Thermo Fisher Scientific（培地・試薬、細胞処理装置、シングルユース製品、分析機器等） | Cytiva（細胞・遺伝子治療用の装置、試薬、消耗品、製造ソリューション） | Miltenyi Biotec（閉鎖系細胞製造装置、試薬、バッグ・消耗品等） | Terumo BCT（細胞採取、細胞処理・増殖関連システム） | Lonza（細胞・遺伝子治療関連の製品・技術、製造開発サービス）
• 主要雑誌：

  関連リソース

  Cell| Nature| Science| J.Biol.Chem| Proc.Natl.Acad.Sci.USA| EMBO J| Nucleic Acids Research| Gene| FEBS Letters

医薬品関連規制・ガイドライン等

• AI・デジタル技術と薬事／GMP：
  • PMDA 薬事活動におけるAI利活用に関する基本的考え方（Early Consideration） - 医薬品等の開発から製造、市販後まで、薬事上の判断・意思決定に関わるAI利活用の基本的な考え方。
  • PMDA 業務への生成AIの利用開始 - PMDAにおける生成AI導入と、資料作成・翻訳・情報検索等への活用に関する公表情報。
  • FDA Good AI Practice in Drug Development - 医薬品ライフサイクルにおけるAI活用のGood AI Practiceに関する原則。
  • FDA FRAME Initiative - 先進的医薬品製造技術の導入を支える規制枠組みの検討。AI in drug manufacturingに関する取り組みも掲載。
  • EMA Artificial Intelligence - 医薬品ライフサイクルにおけるAI利用、ガイダンス、規制データ活用等に関するEMAの情報ハブ。
  • EU GMP Annex 22 Artificial Intelligence - GMP環境におけるAIモデルの利用について、リスク管理、Human Oversight、Validation、Lifecycle Management等を検討した資料。
• 医薬品・GMP：
  • PMDA GMP適合性調査業務：GMP適合性調査、申請資料、GMP省令・関連通知、PIC/S-GMP、無菌医薬品関連資料等の総合入口。
    • GMP省令・関連通知
      • GMP省令：医薬品・医薬部外品の製造管理及び品質管理の基準を定める省令。
      • GMP調査要領：GMP調査の実施手順、分類、評価等を定める調査要領。
      • GMP事例集・追補：GMP事例集及び追補をPMDA集約ページで確認。
    • PIC/S-GMP・無菌医薬品関連
      • PIC/S-GMPガイドライン関連通知：国内活用通知、Q&A及び一部改正をPMDA集約ページで確認。
      • 無菌医薬品に関する事務連絡等：無菌操作法・最終滅菌法等の指針をPMDA集約ページで確認。
    • 品質管理・GQP
      • GQP省令：医薬品等の製造販売における品質管理の基準を定める省令。
• 再生医療等製品・GCTP関連：
  • PMDA 再生医療等製品：承認審査関連情報・関連通知の総合入口。
    • 製造販売について
      • ヒト細胞加工製品の製造工程変更に伴う同等性／同質性評価：製造工程変更時の同等性／同質性評価に関する指針及びQ&A。
      • 再生医療等製品の試験検査に関するQ&A：再生医療等製品の試験検査に関する質疑応答集。
      • 再生医療等製品の軽微変更事例集：再生医療等製品の承認事項に係る軽微変更事例集。
    • 製品開発について
      • ヒト細胞加工製品の品質・非臨床・臨床に関する技術的ガイダンス：ヒト細胞加工製品の品質、非臨床試験及び臨床試験に関する技術的ガイダンス。
      • 細胞・加工製品 品質相談チェックポイント：再生医療等製品の開発初期段階からの品質相談で留意すべきチェックポイント。
      • 無菌試験及びマイコプラズマ否定試験の考え方：細胞・加工製品の品質相談で参照される無菌試験及びマイコプラズマ否定試験の考え方。
      • 遺伝子治療用製品 品質相談チェックポイント：遺伝子治療用製品の品質相談で留意すべきチェックポイント。
    • 基準等
      • 生物由来原料基準：再生医療等製品を含む生物由来の原料に関する基準。
      • 生物由来原料基準の一部改正に関する通知（2026年3月31日）：生物由来原料基準の一部改正に関する2026年3月31日付通知。
  • PMDA医薬品品質管理部・GMP/GCTP関連事務連絡
    • 承認審査時におけるGMP/GCTP適合性調査：新医薬品及び再生医療等製品の承認審査時におけるGMP/GCTP適合性調査のスケジュール及び進捗確認に関する事務連絡。
  • GCTP省令・関連通知
    • PMDA GCTP適合性調査：GCTP適合性調査、申請資料、製造管理・品質管理関連通知等の総合入口。
      • 再生医療等製品適合性調査申請時の提出資料：新規・定期・区分適合性調査の提出資料及び留意事項。
      • GCTP Q&A（その1）：再生医療等製品の製造管理及び品質管理の基準等に関する質疑応答集。
      • GCTP Q&A（その2）：再生医療等製品の製造管理及び品質管理の基準等に関する質疑応答集（その2）。
      • GCTP Q&A（その3）：再生医療等製品の製造管理及び品質管理の基準等に関する質疑応答集（その3）。
      • GMP、QMS及びGCTPのガイドラインの国際整合化に関する研究成果：GMP、QMS及びGCTPのガイドラインの国際整合化に関する研究成果の配布。
        • 再生医療等製品の無菌製造法に関する指針：再生医療等製品の無菌製造法に関する指針。
        • 無菌製造法に関する指針のQ&A：再生医療等製品の無菌製造法に関する指針の質疑応答集。
    • GCTP省令（再生医療等製品の製造管理及び品質管理の基準に関する省令） - 平成26年厚生労働省令第93号。再生医療等製品の製造管理及び品質管理の基準を定める省令。
  • 開発・審査ガイドラインデータベース：医療機器、再生医療・遺伝子治療、診断薬、プログラム・AI等の開発・審査ガイドラインを分野別に掲載。
  • 国立成育医療研究センター 遺伝子細胞治療推進センター 規制関連の資料：遺伝子・細胞治療に関する規制関連資料を掲載。カルタヘナ法、遺伝子治療等臨床研究、品質・安全性関連情報を含む。
• 通知ポータル：
  • 厚生労働省 新着の通知：厚生労働省各部局の新着通知を部局別に確認。
    • 医薬局 新着の通知：医薬局の新着通知へ直接移動。
  • 福岡県 製造販売業及び製造業に関する国通知集：製造販売業及び製造業に関する国通知を分野別に整理した福岡県の通知集。
    • 医薬品に関する通知：医薬品に関する国通知。複数の製品区分に共通する通知も掲載。
    • 再生医療等製品に関する通知：再生医療等製品に関する国通知。
  • 香川県 GMP・GQP・QMS・体制・GVP・GCTP省令関係通知等：GMP省令・GMP事例集・GMP適合性調査・PIC/S GMPガイドライン等を含む通知集。掲載通知等は一部。
• 医薬関連規制当局・国際調和：

  関連リソース

  PMDA | 厚生労働省 | FDA | EMA | TGA | TFDA | MFDS | HSA | DO (HK) | ICH | PIC/S | PMDA ICHガイドライン一覧

• カルタヘナ法関連：
  • PMDA カルタヘナ法に係る申請：医薬品等分野のカルタヘナ法に基づく第一種使用等の承認、第二種使用等の確認、申請手続・様式等の入口。
  • 文部科学省 遺伝子組換え技術・ゲノム編集技術を用いた研究（カルタヘナ法関係）：研究開発段階の遺伝子組換え技術・ゲノム編集技術とカルタヘナ法に関する文部科学省の情報。
  • 環境省 日本版バイオセーフティクリアリングハウス（J-BCH）：カルタヘナ議定書・カルタヘナ法、国内で使用が認められた遺伝子組換え生物等、ゲノム編集等の情報ポータル。
  • J-BCH カルタヘナ法 関係法令一覧：カルタヘナ法の法律、政令、省令、基本的事項、第一種・第二種使用等に関係する法令・告示の一覧。
  • 文部科学省 生命倫理・安全に対する取組：生命倫理・安全に関する文部科学省の入口。安全に関する取組としてカルタヘナ法関係の研究情報を案内。
• 日本薬局方：第十九改正日本薬局方は2026年4月10日告示・施行。第二十改正に向けた情報も同ページで公開。
• 厚生労働省 法令等データベースサービス：法律、政令、省令、告示、通知等の検索。
• e-Gov法令検索：現行法令の確認。
• e-Gov パブリックコメント：意見募集案件の確認。

便利なツール・サイト

• 研究に便利なサイト：
  • NIST Chemistry WebBook：化合物の熱化学・物性・スペクトル等の参照データ。
  • protocols.io：研究プロトコールの検索・共有。
  • bioRxiv：生命科学分野のプレプリント。
  • 計算化学お役立ちツール集：化学系の単位換算、SMILESから2次元分子構造への変換等。
  • TogoTV：生命科学系データベース・Webツールの動画教材。
• 一般便利サイト：
  • Amazon- [日本語トップページ] 書籍等の検索・購入サイト。
  • 郵便番号検索- 住所から郵便番号を、郵便番号から該当する住所を検索することができます。
  • 便利コム！！- 各種情報をまとめたポータルサイト。
  • 検索デスク- 各種検索サービスへのリンク集。
  • 世界時計・時差計算 - 世界各地の現在時刻・タイムゾーン確認。
  • XE 通貨換算 - 為替レートを使った通貨換算。
  • Google Maps - 地図・場所検索・経路確認。
  • Booking.com - ホテルなど宿泊施設・旅行関連の検索。
  • 楽天トラベル - 国内外の宿泊施設、交通+宿、レンタカー、高速バス・ツアー等の検索・予約。
  • トリップアドバイザー - ホテル・観光スポット・レストラン等の旅行情報。
  • NAVITIME 乗換案内 - 国内の鉄道等の経路・時刻・運行情報検索。
  • 気象庁 天気予報 - 全国の天気予報・気象情報。