| 解析項目 | プログラム | 概要 | サーバ |
|---|---|---|---|
| データベース検索 |
WAIS | KW [キーワード検索] | DISC |
| SFgate | KW | DDBJ |
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| getentry | ID [ID検索] | DDBJ |
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| PubMed | KW | NCBI |
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| Entrez | KW, ID | NCBI |
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| ホモロジー検索 |
BLAST | BLASTN, BLASTP, BLASTX, TBLASTN | GenomeNET |
| FASTA | FASTA, TFASTA | GenomeNET |
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| FASTA | FASTA, BLAST | EMBL-EBI |
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| 配列解析 |
DNA → AA | DNAからタンパク質への翻訳 | EBI |
| Promoter Prediction | プロモータ領域予測 | BDGP |
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| Signal Scan | シグナル配列検索 | BIMAS |
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| SSPN | スプライシング領域予測 | BDGP |
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| Gene Feature | エクソン・プロモータ・ORF領域予測他 | BCM |
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| ORF Finder | ORF領域予測 | NCBI |
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| TFSEARCH | 転写調節因子結合領域予測 | GenomeNET |
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| MOTIF | タンパク質モチーフ検索 | GenomeNET |
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| InterPro | タンパク質モチーフ検索 | EMBL-EBI |
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| MEME | モチーフ構造検索 | NBCR |
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| ClustalW | マルチプルアライメント | GenomeNET |
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| pI/Mw | 等電点・分子量予測 | ExPASy |
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| 制限酵素マップ |
TACG Restriction Mapping | 制限酵素マップ作成ツール | UMASS |
| WebCutter | 制限酵素マップ作成ツール | Max Heiman |
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| PCR |
Primer selection | プライマー設計支援ツール | VGC |
| Primer3 | プライマー設計支援ツール | MIT |
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| Web Primer | PCR・シークエンシング用プライマー設計 | SGD |
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| Tm値の計算 | Tm値予測 | 日本遺伝子研究所 |
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| 二次構造予測 |
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| PredictProtein | タンパク質２次構造予測 [PHDsec, PHDacc, PHDhtm, PHDtopology, PHDthreader, MaxHom, EvalSec] | COLUMBIA UNIVERSITY |
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| 配列整形 |
BOXSHADE | マルチプルアライメント出力結果整形 | ExPASy |
| ReadSeq | 配列形式変換 | ISHIKAWA Jun |
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| その他 |
Codon Usage | コドン使用頻度検索 | DISC |
| MassSearch | 部分分解ペプチド断片分子量によるタンパク質検索 | CBRG |
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| PSORT | タンパク質局在部位予測 | Tokyo |
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| PROTFAM | ファミリー・機能ドメインによるタンパク質検索 | MIPS |
Uploaded on March 30, 1997
Atsushi Isoai, Ph.D.
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